O enredo se concentra em um órfão chamado Seiya, forçado a ir ao Santuário na Grécia para obter a Armadura de Bronze de Pégaso, uma veste usada pelos 88 guerreiros da deusa grega Atena, conhecidos como Cavaleiros. Após despertar o poder dos Cavaleiros, uma essência espiritual que se originou com o Big Bang (chamada de Cosmo), Seiya rapidamente se torna o Cavaleiro de Pégaso e volta ao Japão para encontrar sua irmã mais velha. Como a jovem havia desaparecido no mesmo dia em que Seiya foi para o Santuário, Saori Kido, a neta do homem que enviou todos os órfãos para treinar, faz um trato com ele e o pede que participe de um torneio chamado de Guerra Galática, onde os órfãos que sobreviveram e se tornaram Cavaleiros de Bronze devem lutar para ganhar a mais poderosa Armadura: a Armadura de Ouro de Sagitário. Se Seiya vencesse o torneio, Saori iniciaria uma busca por sua irmã.
O torneio é interrompido pelo vingativo Cavaleiro de Fênix, Ikki, que deseja eliminar qualquer traço que o ligue às pessoas que o forçaram a seguir seu treinamento. Ele rouba partes da Armadura de Sagitário e enfrenta os Cavaleiros de Bronze restantes, Seiya, Shun, Shiryu e Hyoga. Com a derrota de Ikki, os Cavaleiros de Bronze são atacados pelos Cavaleiros de Prata, enviados pelo Grande Mestre do Santuário para eliminá-los. Enquanto vencem as batalhas, os Cavaleiros de Bronze descobrem que Saori é a reencarnação de Atena e que o Grande Mestre tentou matá-la ainda bebê. O Cavaleiro de Ouro de Sagitário, Aioros, salva Saori, mas é morto logo depois. Antes disso, entrega Saori ao seu avô adotivo. Decididos a apoiar Saori, os Cavaleiros partem para o Santuário para enfrentar o Grande Mestre, mas antes de sua chegada, Saori é gravemente ferida por uma flecha. Os Cavaleiros acreditam que o Grande Mestre pode curá-la e tentam encontrá-lo, mas são confrontados por diversos Cavaleiros de Ouro no caminho. Depois de diversas batalhas, Seiya chega ao templo do Grande Mestre e descobre que ele é o Cavaleiro de Ouro de Gêmeos, Saga, que matou o Grande Mestre em busca de poder. Saga, por ser o cavaleiro da constelação de Gêmeos, é atormentado por suas duas faces, a face do bem e a do mal. Durante o período em que esteve como Mestre do Santuário, a face má dominou sobre a boa em Gêmeos. Com a ajuda do Cosmo de seus amigos, Seiya derrota Saga e usa o escudo da estátua de Atena para curar Saori. Logo depois, já com a parte boa imperando sobre si, Saga comete suicídio como forma de se punir.
Na segunda saga do mangá, o deus dos mares Poseidon reencarna no corpo de Julian Solo com o objetivo de alagar a Terra. Saori vai até seu templo, onde Julian a aprisiona. Seiya, Hyoga, Shun e Shiryu vão até o templo e enfrentam os subordinados de Julian, os Marinas. Enquanto isso, Ikki descobre que o responsável por esta guerra é o irmão de Saga, Kanon de Gêmeos, que manipulou Julian. Durante a batalha final, o espírito de Poseidon desperta dentro de Julian e consegue derrotar seus oponentes. Salva pelos Cavaleiros, Saori guarda a alma de Poseidon em sua ânfora.
A saga seguinte do mangá mostra a ascensão de Hades, deus do submundo e o maior inimigo de Atena, após se libertar de sua prisão. Ele revive os Cavaleiros de Ouro e o Grande Mestre Shion de Áries e os envia ao Santuário para matar Atena. Os Cavaleiros de Ouro que restam conseguem rechaçar o ataque, mas Saori comete suicídio. Ela faz isso para ter acesso ao submundo e enfrentar Hades com a ajuda de seus Cavaleiros. Shion revela que a intenção real dos Cavaleiros revividos era entregar a Saori sua própria Armadura, e a entrega para o grupo de Seiya antes de morrer novamente. No submundo, os Cavaleiros de Bronze enfrentam os Espectros de Hades. Na batalha final contra o deus da morte, os Cavaleiros adquirem as Armaduras Celestiais e juntamente com Saori, matam Hades. Porém, Seiya se sacrifica ao receber o ataque final de Hades e os Cavaleiros voltam para a Terra com seu corpo.
Na quarta saga, Next Dimension, Saori e Shun vão até o Monte Olimpo pedir a ajuda de Artêmis, irmã de Atena, para voltar ao tempo, a fim de salvar Seiya da maldição imposta por Hades. Artêmis diz que o único que pode ajuda-la, é Cronos, o Deus do tempo. Após um trato, Cronos envia Atena e Shun até a Guerra Santa do século XVIII, a mesma em que Dohko de Libra e Shion de Áries lutaram. Só que Saori é transformada em criança por Cronos e é separada de Shun. Já no passado, O Grande Mestre da época, junto com o Cavaleiro de Peixes, Cardinale, tenta tirar a vida do bebê Atena, mas é protegida pelo cavaleiro de Virgem, Shijma. Enquanto isso, o Santuário é atacado pelos Espectros, liderados por Suikyo, antigo Cavaleiro de Atena, que agora é um dos três juízes do Inferno, a Garuda. Shun também tenta passar pelos Doze Templos do Santuário, junto com Tenma de Pégaso, antepassado de Seiya e amigo de Alone, reencarnação de Hades da época. Logo depois, Ikki, Hyoga e Shiryu também voltam no tempo para ajudarem a salvar Seiya.